Jeremy saa valmiiksi Xanaa varten suunnitellun viruksen, mutta sen asentaminen ei suju sotureiden suunnitelmien mukaisesti. Code Lyoko: Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä XANAsta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyokoon taistelemaan tekoälyä vastaan.
