Jeremy haluaa selvittää, mistä supertietokoneeseen suunnattu hyökkäys on peräisin. Sotureiden Einstein soimaa itseään, kun kaikki ei sujukaan suunnitelmien mukaan. Code Lyoko: Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä XANAsta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyokoon taistelemaan tekoälyä vastaan.
