Soturit yrittävät selvittää, miksi Lyokon tornit vilkkuvat superskannerissa vuorotellen. Kuoressa sotureita odottaa hämmentävä näky. Code Lyoko: Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä XANAsta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyokoon taistelemaan tekoälyä vastaan.
