Odd luulee onnen potkaisseen häntä oikein kunnolla, mutta muut epäilevät XANAn olleen asialla. Hyökkäyksen kohteeksi paljastuu kaverusten virtuaalinen sukellusvene, Skidi. Code Lyoko: Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä XANAsta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyokoon taistelemaan tekoälyä vastaan.
