Jeremy päättää kokeilla, miten sotureihin kirjoitettu valekoodi vaikuttaa XANAan. Koodin vaikutuksista sotureihin ei ole varmuutta, mutta Ulrich lupautuu koekaniiniksi. Code Lyoko: Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä XANAsta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyokoon taistelemaan tekoälyä vastaan.
