Jeremy paikantaa digimereltä signaalin, jonka hän epäilee liittyvän XANAn aktivoitumiseen. Soturit lähtevät tutkimaan signaalin lähdettä ja pääsevät tutustumaan uuteen ihmeelliseen maailmaan. Code Lyoko: Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä Xanasta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyoko-planeetalle taistelemaan tekoälyä vastaan.
