Kouluun saapuu uusi oppilas, joka tuntuu olevan kiinnostunut Jeremystä ja Lyoko-sotureiden puuhista. Jeremy haluaa hankkia lisätietoja Kuoresta ja kehittelee menopelin, jonka avulla ystävykset pääsevät liikkumaan muuttuvan sektorin pinnalla. Code Lyoko: Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä Xanasta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyoko-planeetalle taistelemaan tekoälyä vastaan.
