Aelita saa salaperäisen viestin, joka koskee hänen vanhempiaan. Lyokossa soturit joutuvat vastaamaan hyökkäykseen, jollaista he eivät ole koskaan ennen kohdanneet. Code Lyoko: Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä XANAsta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyokoon taistelemaan tekoälyä vastaan.
