Jeremy testaa XANAn kiusaksi suunniteltua virusta Kuoressa. Testaus ei suju ongelmitta, ja Jeremy haluaa pyytää Lauralta apua syyn selvittämiseen. Code Lyoko: Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä XANAsta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyokoon taistelemaan tekoälyä vastaan.
