Koulussa tapahtuu outoja juttuja ja Aelitan mielestä Lyoko-sotureiden pitäisi käydä tehtaalla tarkistamassa tilanne. Paluu virtuaalimaailmaan onnistuu, ja kohta soturit joutuvat taisteluihin niin Lyokossa kuin koulun käytävilläkin. Code Lyoko: Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä Xanasta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyoko-planeetalle taistelemaan tekoälyä vastaan.
